在种质创制大科学中心一期建成投用一年后，在西部（重庆）科学城和西南大学的共同努力下，种质创制大科学中心二期工程目前已顺利开工。

种质创制大科学中心二期建设面积约为2万平方米，总投资约8000万元，由城市建设集团负责建设，建设内容主要为科学实验室、研发办公室和展览报告厅等。

本设计项目整体以科学实验室，科学培养室为主。整体设计风格力求突出科技感，表达实验类别为种植的特殊性。整体空间布局采用圆弧形动线，结合种植的展示特点在空间内布置了植物活体箱，让展示空间显得流畅富有趣味性。采用极具代表性的蓝色为主体色调，利用LED的线性冷光源布置营造出富有层次的递进的科技氛围感。实验室区域作为科技感设计的延续，做到了色调统一，材质相近，满足实际使用功能的大前提下让整体风格清爽简约。沙龙区域实现功能与审美的统一，采用木质饰面板材质结合天棚石膏板造型，简约大气的空间布局同样利用灯光的变化营造出不同的使用状态的氛围效果。会议室及办公区同样做到了装饰材质的统一，视觉效果的延续。

项目建成后将用于培育马铃薯、水产资源库、罗非鱼、油菜、茶树、柑橘等的培育利用与产业化生产。建设国家种业创新高地，创制出上万个模式物种突变品系、上千个生产实用品系、上百个对国民经济和社会发展产生重大影响的品种，培育3—4家具有国际竞争力的上市种业企业，形成种质创制千亿级产业集群。